Храм занят Музеем Арктики и Антарктики. Сейчас община молится на первом этаже в бывшем здании Единоверческого Братского Училища. Пение наречное. Суточный круг совершается раз в седьмицу. При общине действуют кружки чтения Евангелия и знаменного пения.
В начале 20 века в приходе проводилась большая педагогическая работа. Были построены женская гимназия и мужское реальное училище им. цесаревича Алексея, созданы оригинальные педагогические программы, в которых сочетались древнерусские традиции и современные научные достижения. Возглавлял эту работу выдающийся отечественный ученый, академик Ухтомский А.А. При церкви также существовала Единоверческая редакция, где печатались церковные книги и журнал "Голос церкви". Работала богадельня для престарелых прихожан, хранилище древнерусской книги, лазарет.
Приход поддерживал тесные связи с правящей династией. Ежегодно единоверческий хор мужского реального училища принимал участие в совершении Божественной литургии по древнему чину в церкви Зимнего дворца. Само же училище патронировала непосредственно государыня-императрица Александра Федоровна. К началу XX века приход Никольской церкви на Николаевской улице стал одним из крупнейших и значимых Единоверческих приходов в России. Его настоятель священноиерей о.Симеон (Шлеев) сыграл ведущую роль в организации I-го Всероссийского съезда православных старообрядцев (единоверов) 1912 г. Впоследствии он стал первым Единоверческим епископом.
В послереволюционный период приход считался недостаточно лояльным новой власти. Участвовал в иосифлянском движении Петроградской епархии, что явилось причиной его уничтожения и закрытия храма в 1931-1932 гг. В дальнейшем помещение храма было передано под экспозицию музея Арктики и Антарктики.
Только в 1992 г. началась работа по возвращению Никольской Единоверческой церкви верующим. В настоящее время Единоверческий приход Санкт-Петербурга собирается в бывшем доходном доме Николькой единоверческой церкви.
