Был возведен царём Михаилом Федоровичем Романовым по обету и в благодарность за спасение Москвы от польско-литовских захватчиков в праздник Покрова Пресвятой Богородицы 1 октября 1618 года. Каменный храм — один из дворцовых соборов — является памятником русской воинской славы
свидетельства окончания смуты и начала возрождения Отечества. Первоначальный деревянный храм через восемь лет был заменён каменным, освящённым 29 октября 1626 года. С того же времени существуют приделы Царевича Димитрия и преподобного Сергия Радонежского. Храм был дворцовым, с 1761 года стал приходским. Храм имеет подклеть, была открыта ходовая паперть на арках.
В 1787 году построена нынешняя колокольня вместо прежней звонницы, открытые паперти обращены в закрытые трапезные для приделов, заложены нижние арки под папертью. При храме была образована епархиальная община сестёр милосердия. При общине был детский приют, аптека, амбулатория, дом призрения для престарелых, фельдшерские курсы и школа шелководства.
В 1934 году храм был закрыт, разграблен, кладбище при храме разорено, высокая каменная ограда с воротами разрушена.
Здание храма передали Метрострою под электромонтажные мастерские. Одно время использовалось под жилые помещения.
В 1961–1962 гг. была проведена реставрация храма под руководством архитектора А. Оха с приспособлением здания храма под репетиционные помещения Государственной республиканской академической хоровой капеллы имени А. А. Юрлова. В 1992 году храм возвращён Церкви, в 2003 году возобновлены богослужения. C 2008 года в храме служат древнерусским чином.
С 3 июля 2009 года при храме действует Патриарший центр древнерусской богослужебной традиции. Храм нуждается в ремонте и реставрации. Пение наонное. Действует кружок по изучению знаменного пения.
